员工被罚款3500是合法的吗

不合法。依据《行政处罚法》，公司非行政机关，无权对员工罚款。严重情况可能导致劳动纠纷，影响员工权益及公司声誉。
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公司可采取其他方式处理。如：在劳动合同中约定未完成任务的工资标准；制定员工手册明确违纪处罚，需员工同意；或采用奖金制度激励。选择时应确保合法且经员工认可。
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不合法。处理方式：1. 劳动合同约定：明确劳动定额及未完成时的工资标准，但不得低于最低工资。2. 员工手册规定：制定违纪处罚条款，需公示并让员工同意。3. 奖金制度：设定奖金获得规则，未达标则不发，作为罚款的替代方式。